اولویت های پژوهشی مرکز تحقیقات عفونی اطفال به شرح زیر می باشد:
- بیماری های عفونی بازپدید و نوپدید (آنفلوانزا، COVID-19)
- عفونت های بیمارستانی
- مقاومت دارویی
- بررسی میزان اثر بخشی واکسیناسیون
- عفونت در افراد با نقص ایمنی(دیالیزی، پیوند و ..)
- طراحی و تولید پپتید های مناسب برای استفاده در درمان بیماری های عفونی
- سل
- بیماری های زئونوز
- تب و نوتروپنی
- بررسی خواص عوامل میکروبیوت در پیشگیری و درمان بیماری ها
- HIV
- نقش مهاجرین در انتشار بیماری های عفونی
- هپاتیت